两晋南北朝，尤其是南北朝时期佛教建筑有很大的发展。由于早期的佛教只停留在对经文的翻译和归纳上，而且僧侣人数较少，所以僧侣多居住在官府用来接待宾客的礼制建筑中，我国古代常用一种称之为“鸿胪寺”的官府作为招待僧侣居住的场所。这是一种专门主管祭祀礼仪的官府，而“寺”在当时只是一种官署的别称，还没有专门指代佛教建筑的类型。

自东汉皇帝将西域众僧所居住的“鸿胪寺”定名为“白马寺”起，人们也逐渐把这种佛教“三宝”（三宝：佛、法、僧）的所在地建筑称为“寺”。至此，我国才有了专门的佛教建筑称之为僧寺，再往后，各种佛教建筑的名称又不断发展和完善，终于形成了比较固定的佛教建筑名称，即：在山壁上凿出的称为窟，供僧侣居住的建筑称为院，供奉佛像的建筑则称为庙。此外还有精舍、僧院、宝刹、福地等别称，其中佛寺的梵文为“僧伽蓝摩”，其意思是说僧人们聚集在一起，就如同树木组成的森林一样，因此佛寺又被称为丛林或伽蓝。早期小型的寺院还称为庵，后来则专指供女子出家人，即比丘尼居住的寺院。

南北朝时期各地都开始兴建佛寺或开掘石窟，在我国历史上留下了许多著名的寺庙，现今保存的著名石窟，就有很多都是始建于此时，或此时进行大规模修建而扬名于世的。据有关资料记载，当时南北朝的寺院建筑多达千万所，可见当时佛教之兴盛。早期的佛寺形制也沿袭自古印度，以佛塔为中心，在其四周设置各种用途的房间。这种以塔为中心的佛寺形式在中国表现为廊院形式，即以塔或高楼为中心，四周围以厅堂、回廊等相连，可以容纳众人在此念经和做法事。

后来，随着佛教本土化的发展，以及帝王贵族等统治阶级的支持，佛寺也加入了一些符合中国传统礼法的建制，佛寺建筑的形制也发展到了亦中亦西的混合阶段。最能代表这时期佛寺特点的是北朝兴建的永宁寺，这座寺院也是北魏时期洛阳城中规模最大的寺院。

整个寺院的中心庭院中有一座永宁寺塔，塔周围建有佛殿和各类僧房，这种建制与印度佛寺建筑的建制相同。但整个永宁寺平面呈方形，四周有围墙相绕，墙的建制与宫城类似。围墙的墙头上有瓦覆顶，而且四面各开有一门；南门有三层门楼、三个门道，与城门体制相同；东西两门也均有二层门楼、三个门道，这些也都是遵循城门的建制设置的；只有北门是一层的乌头门。这种方城和不同等级大门的形式都明显带有我国古代礼制建筑的特点，而寺中又严格遵守古印度佛寺建制一所寺庙中糅合中外两种建筑形式的独特形式，也是佛教在我国不断本土化发展过程中的产物。

南北朝时期由于全国崇佛，人们不仅大量捐建佛寺，舍宅为寺的现象也非常普遍。出于不同的原因，许多私人的府宅被献给寺院，成为寺院建筑的一部分，或干脆成为小型佛寺。由于这些私人的府宅都是按照中国传统形式建筑的，都是纵向轴线的前厅后寝形布局，所以多把厅堂改设为供奉佛像的中心建筑，后部仍旧为僧含，前部的庭院则作为开放性空间。

这种佛寺的形式比较符合中国传统礼法，因此逐渐取代了中心式的布局结构，我国的寺院建筑也逐渐演化为纵轴对称，以院落为单位，多座院落组合而成的建制。除主轴上依次设置各主要殿堂以外，其他的院落多按照对称的方式设置，但也可根据地形灵活掌握，而寺院中的佛塔也由中心位置逐渐转向寺院后部寺院外部，从而形成了单独建塔或不建塔的寺院形式。